针对问题:下，我家在农村，13年已经盖好一层楼

农村自建房加盖二层需办土地使用、规划许可、施工许可等手续。

分析：根据《土地管理法》及相关规定，农村村民建住宅需符合乡（镇）土地利用总体规划，并尽量使用原有的宅基地。因此，加盖二层需向村集体申请宅基地使用证（如已有则无需重复申请），并向乡镇政府或规划部门申请规划许可证，以确保建筑符合村庄规划。同时，还需办理施工许可证，明确施工单位和施工人员的资质等信息，保障施工质量和安全。若未经批准擅自加建，可能面临被认定为违法建筑的风险。

提醒：若房屋建设过程中或建成后遭遇政府部门的查处或责令拆除通知，表明问题比较严重，应及时寻求专业人士的进一步解决。
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具体操作：

1. 准备材料：收集并复印户口簿、身份证等身份证明文件；如已有老房子且持有“宅基地使用证”，需一并提供复印件；撰写建房申请书，详细说明建房事由、地址、占地类型及面积等信息。
2. 提交申请：将准备好的材料提交至村民小组长、村委会进行签字盖章；随后前往当地国土资源管理所领取建房申请表格并填写完整；最后由国土资源管理所报乡镇政府提出审批意见，并上报至县级国土资源局进行最终审批。
3. 等待审批及后续手续：审批过程中需保持通讯畅通，以便及时补充材料或了解审批进度。审批通过后，按照要求办理施工许可等后续手续。房屋建设完成后，需向相关部门提出验收申请，经验收合格后颁发集体土地使用证书和房屋所有权证。

以上操作需遵循当地法律法规和政策规定，确保手续齐全、程序合法。
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处理方式：

从法律角度，农村自建房加盖二层的常见处理方式包括准备齐全材料（如身份证明、原宅基地使用证、建房申请书等），向村委会提交申请，并按要求逐级上报至乡镇政府和县级国土局，等待审批。

选择建议：

在选择处理方式时，应优先考虑合法合规的途径，避免私自加建导致的法律风险。同时，可咨询当地村委会或相关部门了解具体流程和要求，确保手续齐全、程序合法。